โรงเรียนเดิมตั้งขึ้นเมื่อ  ร.ศ.๑๑๐ (พ.ศ.๒๔๓๔) ชื่อ"อมราบำรุงรักษ์" โดยท่านเจ้าคุณพระอมรโมลี เป็นผู้ริเริ่ม มีนายใหญ่ เรื่องสมบูรณ์ และนายฉุน เป็นครูใหญ่ อาศัยศาลาวัดเป็นที่เรียน ต่อมาท่านพระครูวิมลศิลาจารย์ได้จัดสร้างอาคารถาวรขึ้น เปลี่ยนชื่อเป็น "วิมลอุปการ" มีนายชอบ พรหมดำรงค์ และนายจำนง พุ่มมาลี เป็นครูใหญ่ เมื่อตัวโรงเรียนวิมลอุปาการชำรุดลง พระครูจันทร์ จัดสร้างโรงเรียนขึ้นใหม่ ตั้งชื่อว่า "อมรวิมลจันทร์" มีนายโฉม เกษตระกูล นายสำอาง งามบรรจง และ          นายสะอาด สร้อยสุวรรณ เป็นครูใหญ่ ปัจจุบันมีอาคารเรียนหลังใหม่ ซึ่งรัฐบาลออกเงินในการก่อสร้างทั้งหมด เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๗  ตั้งอยู่ในพื้นที่ของวัด ใช้ชื่อโรงเรียนว่า "โรงเรียนวัดปากน้ำ                     (อมรวิมลจันทร์)" โดยมีพระครูสมุทรทิวากรคุณ เป็นผู้อุปถัมภ์ มีนายเฉลิม ถาวรรัตน์ เป็นครูใหญ่